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http://hdl.handle.net/11612/5423| Authors: | Carvalho, Rogério Fernandes |
| metadata.dc.contributor.advisor: | Ribeiro Junior, José Carlos |
| Title: | Validação da PCR convencional como alternativa de diagnóstico de SARS-COV-2 em amostras humanas |
| Keywords: | COVID-19; Detecção; Reação em Cadeia da Polimerase; Transcrição Reversa |
| Issue Date: | 2022 |
| Citation: | CARVALHO, Rogério Fernandes. Validação da PCR convencional como alternativa de diagnóstico de SARS-COV-2 em amostras humanas. 2022.71f. Dissertação – Universidade Federal do Tocantins, Programa de Pós-graduação em Sanidade animal e Saúde pública nos trópicos, Araguaína, 2022. |
| metadata.dc.description.resumo: | O Coronavírus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) se espalhou pelo mundo e se tornou um problema de saúde global. Como resultado, a demanda de testes de diagnóstico aumentou dramaticamente, assim como o custo de equipamentos e insumos. Os países com infraestrutura laboratorial deficiente enfrentam dificuldades para expandir sua capacidade de testagem através da Reação em Cadeia de Polimerase precedida de Transcrição Reversa, em tempo real (RT-qPCR); portanto, o desenvolvimento de métodos alternativos sensíveis e específicos é essencial para expandir a rede de testagem, reduzindo subnotificações. Este estudo teve como objetivo desenvolver, padronizar, otimizar e validar a Reação em Cadeia de Polimerase convencional após a transcrição reversa (RT-PCR) direcionada ao gene N do SARS-CoV- 2 em amostras de swab naso-orofaríngeo em comparação com a RT-qPCR. Usando ferramentas de bioinformática, primers para o gene N foram determinados e otimizados. As condições de reação foram otimizadas usando um controle comercial positivo e o limite de detecção foi determinado em 100 cópias virais. Na validação da RT-PCR convencional, foi determinada amostragem representativa de 346 amostras de pacientes com suspeita de infecção, cujo diagnóstico foi feito em paralelo com a RT-qPCR, sem acesso a valores de Cycle Threshold (Ct). Verificou-se sensibilidade de 92,1% e especificidade de 100%, acurácia de 95,6% e coeficiente de correlação de 0,913. Nas atuais condições brasileiras, este método gerou aproximadamente 60,0% de economia em comparação com os custos da RT-qPCR. A RT-PCR convencional, validada pelo presente trabalho, apresentou resultados suficientes para a detecção do SARS-CoV-2 e pode ser utilizada como alternativa para diagnósticos e estudos epidemiológicos. |
| Abstract: | Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has spread around the world and has become a global health problem. As a result, the demand for diagnostic tests has increased dramatically, as has the cost of equipment and supplies. Countries with poor laboratory infrastructure face difficulties in expanding their testing capacity through Real-Time Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR); therefore, the development of sensitive and specific alternative methods is essential to expand the testing network, reducing underreporting. This study aimed to develop, standardize, optimize and validate the conventional Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) targeted at the N gene of SARS-CoV-2 in naso-oropharyngeal swab samples compared to RT-qPCR. Using bioinformatics tools, primers for the N gene were determined and optimized. Reaction conditions were optimized using a commercial positive control and the detection limit was determined at 100 viral copies. In the validation of conventional RT-PCR, a representative sample of 346 samples from patients with suspected infection was determined, whose diagnosis was made in parallel with RT- qPCR, without access to Cycle Threshold (Ct) values. There was a sensitivity of 92.1% and specificity of 100%, an accuracy of 95.6% and a correlation coefficient of 0.913. Under current Brazilian conditions, this method generated approximately 60.0% savings compared to RT-qPCR costs. Conventional RT-PCR, validated by the present work, showed sufficient results for the detection of SARS- |
| URI: | http://hdl.handle.net/11612/5423 |
| Appears in Collections: | Mestrado em Sanidade Animal e Saúde Pública nos Trópicos |
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